È situato nel sud-est del Kazakistan e protegge 4596 km² di territorio prevalentemente arido e montuoso. Circa 20 km² del parco sono ricoperti da foresta ripariale, un habitat particolarmente prezioso dal punto di vista ecologico[1]. I deserti costituiscono circa il 45% del parco, le zone rocciose circa il 30%, e praterie e foreste il 10% circa ciascuno. Il restante 5% è ricoperto da boscaglia xerofila. Il parco nazionale circonda le pendici sud-occidentali dell’Alatau Zungarico e si estende a nord del lago di Kapchagay, appena a nord del fiume Ili[2]. Non lontano dal parco nazionale Altyn-Emel, sul lato opposto dell’Ili, si trova il parco nazionale di Charyn con le sue imponenti formazioni rocciose.